Le site Natura 2000 de la « Vallée de la Loire de Nantes aux Ponts-de-Cé et ses Annexes » regroupe le site FR 5200622 au titre de la Directive Habitats (ZSC) et le site FR 5212002 au titre de la Directive Oiseaux (ZPS). Ce site recouvre une superficie de 17 080 ha sur les deux départements de Maine-et-Loire et de Loire-Atlantique.  Il délimite un territoire exceptionnel en termes écologiques, culturels et économiques.

Territoire ligérien, il héberge en particulier : 

- 15 habitats d’intérêt communautaire dont 3 prioritaires ;
- 31 espèces d'intérêt communautaire dont 2 plantes, 1 amphibien, 8 invertébrés, 5 mammifères et 6 poissons ;
- 61 espèces d'oiseaux d'intérêt communautaire, dont 18 recensées dans l'Annexe I de la Directive Oiseaux.

Coteaux, prairies sèches ou humides, forêts alluviales, marais et diverses zones humides constituent ensemble une mosaïque de milieux naturels abritant diverses espèces floristiques et faunistiques. Fruit d’une longue et lente évolution, cet équilibre naturel est aujourd’hui subordonné aux différentes activités humaines, structurant le territoire au fil des siècles à travers l’agriculture, les industries, les zones urbaines, les échanges terrestres et fluviaux.

Structure en charge de l’animation, le Conservatoire d’espaces naturels des Pays de la Loire a pour principale mission d’apporter un appui aux acteurs locaux pour préserver ce patrimoine. Cela passe par la mise en place d’actions conservatoires (contrats Natura, contrats agricoles type MAEC, charte), la mise en place d’une gestion locale adaptée aux principaux enjeux de conservation, l’élaboration de programmes de restauration de milieux, la sensibilisation du public, acteurs locaux et services de l’État, la participation à l’enrichissement des connaissances écologiques du site, le conseil et l’expertise à l’État ainsi que l’apport d’une assistance technique à l’élaboration de projets de territoires.

Sur le territoire, une démarche d'animation a été mise en place. Le CEN en tant qu'opérateur MAE appuyé de la Chambre d'agriculture des Pays de la Loire organise dans un premier temps des réunions d'information puis des permanences. A l'occasion de ces rencontres avec les exploitants, nous vérifions l'éligibilité des parcelles et nous conseillons sur les mesures, des cahiers des charges...