Le Conservatoire d’espaces naturels des Pays de la Loire adhère à la Fédération des Conservatoires d'espaces naturels. Créée en 1988, elle est impliquée dans la préservation des espaces naturels en France métropolitaine et dans les DOM-TOM. Elle rassemble et assure la coordination des 23 Conservatoires d’espaces naturels de métropole ou d’Outre-mer.

La Fédération des Conservatoires d’espaces naturels a pour principale mission de représenter le réseau et de favoriser les échanges entre ses membres, afin de renforcer leurs actions sur le terrain autour des valeurs de connaissance, protection, gestion et de valorisation du patrimoine naturel.

La Fédération des Conservatoires d’espaces naturels est impliquée dans l’animation du Plan Loire Grandeur nature et du Plan Rhône, porte le Pôle-relais tourbières et assure l’animation nationale du Plan national d’actions sur les Chiroptères. Par ailleurs, elle organise et met en œuvre nationalement des manifestations annuelles de sensibilisation à la nature, dont les Chantiers d’automne (gestion et entretien des milieux) et Fréquence grenouille (sensibilisation aux zones humides). Elle anime également une mission de déploiement des Obligations réelles environnementales. Elle est enfin partenaire privilégiée du Ministère des Armées dans la mise en oeuvre du LIFE NaturArmy.

Le réseau des Conservatoires d’espaces naturels est le 1er gestionnaire d’espaces naturels de France. Les Conservatoires d'espaces naturels et leur Fédération peuvent bénéficier de l’agrément inscrit à l'article L.414-11 du Code de l'environnement qui précise les missions des Conservatoires : ils "contribuent à la préservation d'espaces naturels et semi-naturels notamment par des actions de connaissance, de maîtrise foncière et d'usage, de gestion et de valorisation du patrimoine naturel sur le territoire régional". Les Conservatoires d’espaces naturels sont désormais tous agréés.

Le réseau des Conservatoires d’espaces naturels dispose d’un Fonds de dotation, habilité à recevoir les dons et legs avec un régime fiscal incitatif. Ce Fonds est en cours de transformation en Fondation reconnue d’utilité publique.

En 2022, les Conservatoires d'espaces naturels gèrent 270 000 hectares répartis sur 4 100 sites, rassemblent 9 300 adhérents et 1 000 salariés. Ils accueillent plus de 6 millions de visiteurs dans les différents sites naturels sur lesquels ils sont impliqués.