Parmi les objectifs du Contrat, la reconnexion des annexes (bras actifs, bras morts) au cours principal est d’une importance capitale, aussi bien d’un point de vue environnemental que socio-économique.

La connectivité hydro-écologique retrouvée, ces milieux accueillent plusieurs espèces de poissons en période de fraie, d’amphibiens, de libellules et autres insectes, une flore diversifiée ainsi que des petites embarcations typiques ligériennes.

Cette reconnexion passe entre autres par l’effacement ou le rabaissement de gués, la restauration de la végétation, l’arrachage d’espèces exotiques envahissantes, l’installation d’ouvrages adaptés, l’aménagement écologique des berges. Ces actions sont renforcées par la mise en place d’un dispositif de suivi (écologique et technique), de gestion et d’entretien des ouvrages pendant toute la durée du contrat.