Le terme Natura 2000 désigne un réseau écologique européen cohérent permettant d’assurer la conservation d’habitats naturels ainsi que celle de la faune et de la flore sauvage, rares ou menacés.

Le réseau Natura 2000 est identifié pour sa grande valeur écologique et patrimoniale et est constitué par deux types de zonages : les zones de protection spéciales (ZPS) relèvent de la Directive Oiseaux et permettent de protéger des milieux utiles à la reproduction et à la survie d'espèces d’oiseaux rares ou menacées en Europe ; les zones spéciales de conservation (ZSC) relèvent de la Directive Habitats/Faune/Flore et visent à protéger des milieux ou habitats naturels ainsi que les espèces animales (hors oiseaux) ou végétales s’y trouvant, devenues rares, vulnérables ou en danger à l'échelle européenne.

L'objectif de la politique Natura 2000 est de veiller à la préservation de la biodiversité remarquable d’un territoire. En Pays de la Loire, cette mission d’animation est portée par le Conservatoire sur trois sites , dans le cadre d’une approche économique, sociale, culturelle et régionale, concertée avec les acteurs locaux. Elle est régie par des documents d’objectifs (DOCOB) élaborés par les comités de pilotages composés d'acteurs locaux (professionnels, collectivités, associations, administrations, etc.), qui dressent un diagnostic écologique et socioéconomique du territoire concerné, définissent les enjeux et les objectifs de préservation et spécifient les modalités de leur mise en œuvre à travers un plan d’actions.

Des aides financières peuvent alors permettre de mettre en œuvre le maintien ou la restauration de la biodiversité à travers différents outils (Mesure agro-environnementale, Contrat Natura 2000).