La Loire abrite un patrimoine naturel d'exception constitué notamment de nombreux habitats ou espèces d'intérêt européen. L'ensemble du cours du fleuve, en Pays de la Loire, est désigné au titre de Natura 2000.

Entre coteau, levée, marais et fleuve, les paysages ligériens montrent leur richesse et leur diversité. Bâtis ou naturels, ces paysages sont une mosaïque de milieux originaux et fragiles, aux potentialités et aux intérêts multiples. La Loire offre une biodiversité riche et rare, diversité de milieux, mais aussi diversité d'espèces (faune et flore).

Issus d'une longue et lente évolution, ces paysages sont aussi l'expression d'une organisation particulière du territoire et de la présence de la Loire. L'occupation humaine s'est développée le long du fleuve : villages, levée, ponts, cales et quais, industries, exploitations agricoles...

Trois sites Natura 2000 se succèdent de l'amont vers l'aval, étroitement liés aux paysages :

• Vallée de la Loire de Montsoreau aux Ponts-de-Cé ("Loire des levées")

Surface : 5 161 ha
Structure animatrice : Parc Naturel Régional Loire Anjou Touraine

De Montsoreau aux Ponts de Cé, la Loire se caractérise par son omniprésence et par la régularité de ses paysages. Rive gauche, des coteaux calcaires aux versants abrupts sont bordés par une ripisylve dense qui masque en partie le fleuve. Rive droite, la levée, minérale, sépare le fleuve des vals agricoles. Un chapelet d'îles parsème le fleuve et organise, par un jeu de transparence, un dialogue permanent entre les deux rives. A l'étiage, la Loire laisse apparaître de grandes grèves où les sternes naine et pierregarin et le petit gravelot viennent nicher.
 

• Vallée de la Loire de Nantes aux Ponts-de-Cé et ses annexes ("Loire des promontoires")

          Surface : 17 080 ha
          Structure animatrice : CEN Pays de la Loire

En aval des Ponts de Cé, les berges sont marquées par un relief irrégulier de collines, coteaux et éperons rocheux surplombant la vallée. Ces reliefs ponctuels constituent des belvédères occupés par des villages et des bourgs et permettent d'observer l'ampleur du lit, la présence d'îles de grandes surfaces ainsi que de longues grèves.
Les versants, en général peu inclinés, sont le domaine de la vigne et de la polyculture tandis que le fond de vallée est occupé par de vastes prairies inondables, des alignements de frênes têtards, des peupleraies et un Loire discrète. Ce paysage est constitué de milieux complexes et variés, d'une grande richesse biologique.

• Estuaire de la Loire ("Loire des rencontres")

        Surface : 21 800 ha
       Structure animatrice : Conseil départemental de Loire Atlantique

En aval de Nantes, la Loire prend de l'ampleur et devient secrète. "Rencontres" entre les milieux fluvial et maritime, ce paysage très horizontal voit ses berges ponctuées d'importantes zones industrielles et son espace organisé par un système hydrographique artificiel dense. Une mosaïque de milieux riches et complémentaires, répartis selon la salinité et le degré de submersion des terres, se succède entre le sillon de Bretagne et le coteau de Saint Père en Retz : vasières, roselières, près de Loire, prairies humides, prés-marais. Ces milieux offrent de milieux de vies pour une faune exceptionnelle.