Le Conservatoire s’est vu confier par la DREAL la rédaction du document d’objectifs des carrières souterraines du site Natura 2000 de Vouvray-sur-Huisne (FR5200652), dont il assure actuellement l'animation.

Les carrières souterraines de Vouvray-sur-Huisne sont situées sur le coteau boisé exposé au nord-ouest, servant de limite entre les prairies mésophiles à temporairement humides du bord de l'Huisne et les zones de cultures intensives du plateau ou à sa proximité immédiate. Le complexe des carrières souterraines des Roches accueille à lui seul 1/10ème des effectifs comptabilisés chaque année dans le département de la Sarthe. C'est un site d'hivernage d'importance.

Parmi les espèces inventoriées sur ce site Natura 2000, on retrouve le Petit Rhinolophe, le Grand Rhinolophe, la Barbastelle commune, le Grand Murin, le Murin à oreilles échancrées ou encore le Murin de Bechstein. Elles sont inscrites à l’annexe II de la Directive et sont désignées comme d’intérêt communautaire. Pour les protéger, le Conservatoire met en œuvre des actions de préservation (sécurisation des cavités, protection des entrées), entretien des habitats, information et conseil auprès des propriétaires, protection et suivi des populations de chiroptères.