Lorsque le Document d'objectifs a été rédigé le site hébergeait :

- 15 habitats d'interet européen, dont 3 prioritaires ;
 - 21 espèces animales d'interet européen, dont 3 prioritaires ;
 - 18 espèces d'oiseaux d'interet européen.
 

Aujourd'hui, des espèces supplémentaires ont été identifiées sur le site : des chauves-souris, la Loutre, la Cistude d'Europe... Ces nouvelles données serviront à l'élaboration du nouveau Document d'Objectifs.

Habitats naturels

En 2004, sur le site Natura 2000, 15 habitats d'interêt communautaire sont présents :

• Habitats d'eau douce

Végétation annuelle des rives exondées (3130)
Communauté à characées (3140)
Végétation des canaux et fossés à faible courant (3150)
Végétation de rivière (3260)
Végétation des berges vaseuses (code 3270)

• Landes

Lande sèche (4030) (présent sur la réserve de Pont Barré)

• Végétations herbacées

Pelouse d'affleurement calcaire (6110*)
Pelouse sèche calcaires à orchidées (6220*)
Mégaphorbiaie (6430)
Prairie à molinie (6410)
Prairie maigre de fauche (6510)

• Végétation des éboulis rocheux

Falaises siliceuse (8220)
Végétation pionnière sur silice (8230)

• Forêts

Foret alluviale à Aulne et Frenes (91E0*)
Foret mixte des grands fleuves (91F0)

En totalité, sur les 16 500 ha du site Natura 2000, 2 850 ha sont référencés comme étant des habitats d'interêt communautaire. L'habitat le mieux représenté à l'échelle du site est "prairie maigre de fauche (6510) avec 1200ha.

Flore

Il existe deux plantes protégées au niveau européen sur le site:

• Angélique des estuaires

​Uniquement présente au monde dans 4 grands estuaires français, cette espèce est présente sur les vases des berges mais peut également germer dans les anfractuosités de digues bétonnées, d’enrochement ou de bois mort, à la faveur de conditions écologiques favorables. Pour plus d'informations, consultez le site internet qui lui est dédié http://www.angeliquedesestuaires.fr/

• Marsilée à quatre feuilles

Le site Natura 2000 a la chance d'héberger une des dernières stations des Pays de la Loire. Découverte en 1994, cette station fait l'objet de recencemments réguliers. Des mesures de gestion ont pu être mises en place grâce au travail concerté du Conservatoire Botanique et Brest, de l'opérateur Natura 2000 et de la motivation du proriétaire de la prairie où elle se trouve.

Faune

• Amphibiens

Triton crêté (1166)​

• Invertébrés

  Moule de rivière (1032)
  Gomphe serpentin (1037)
  Agrion de Mercure (1044)
  Lucane cerf-volant (1083)
  Pique prune* (1084)
  Rosalie des Alpes* (1087)
  Grand capricorne (1088)

• Mammifères 

  Petit Rhinolophe (1303)
  Grand Rhinolophe (1304)
  Rhinolophe euryale (1305)
  Barbastelle (1308)
  Murin à oreilles échancrées (1321)
  Murin de Bechstein (1323)
  Grand Murin (1324)
  Castor d'Europe (1337)
  Loutre d'Europe (1355) 

• Poissons
  
  Lamproie marine (1095)
  Lamproie de rivière (1099) 
  Grande Alose (1102) 
  Alose feinte (1103)
  Saumon Atlantique (1106) 
  Bouvière (1134)